自來水檢測分析管理制度需完善，在分工明確的基礎上，需制定清晰可控的自來水處理和檢測流程，嚴格遵照流程進行水質處理，重視水質檢測的重要性。樣品的分析測試是整個監測過程的重要步驟，在樣品具有代表性的前提下，分析測試的質量就決定了整個監測過程的質量，必須嚴格把關，保證監測數據的準確可靠。
首先，檢測員需實地取樣，不同水環境下水質狀況存在差異，而這些差異不是肉眼所能察覺，需要配合儀器設備的數據分析方可得出。這一過程中，取出的水需存放在干凈無污染的器皿中。 
其次，回到微生物檢測室內，檢測員將取樣的自來水，小心翼翼地滴在培養皿中。這里正在進行基礎的檢測菌落總數指標的檢測。從取樣、到菌類培養、后得出檢測結果，僅這幾項檢測就要花48個小時。在這常規水檢的過程中能用到的儀器有酸度計、硬度計、濁度儀、可見光分光光度計、顯微鏡、超凈工作臺、恒溫培養箱、烘箱、冰箱等。
從主要檢測項目來講可分為兩大類：一類是反映水質狀況的綜合指標，如溫度、色度、濁度、pH值、電導率、懸浮物、溶解氧、化學需氧量和生物需氧量等；另一類是一些有毒物質，如酚、氰、砷、鉛、鉻、鎘、汞和有機農藥等。為客觀的評價江河和海洋水質的狀況，除上述監測項目外，有時需進行流速和流量的測定。 
另外，自采樣到檢測完成之后需等待十個工作日之后出具檢測報告。 
后，若是要完成全部檢測指標，至少需要兩周時間。即便如此，要在水樣有效期內完成檢測，也要舉全站之力加班加點才能完成。除了時間的增加，新標準也相應增加了檢測成本。