一直以來，腐蝕就是高溫化學泵嚴重的危害之一，稍有不慎，輕則損壞設備，重則造成事故甚至引發災難。所以，高溫化學泵如果是抽取一些有腐蝕性的介質就要特別注意。
例如：硫酸是用途非常廣泛的重要工業原料之一，不同濃度和不同溫度的硫酸對材料的腐蝕區別非常大，對于濃度在80%以上、溫度小于80℃的濃硫酸，碳鋼和鑄鐵有較好的耐腐蝕性，但它不適用于高速流動的硫酸，不適用作高溫化學泵的材料；普通不銹鋼如304(0Cr18Ni9)、316(0Cr18Ni12Mo2Ti)對硫酸介質也是用途有限的。
一般金屬大多在高溫化學泵運行時被迅速腐蝕破壞，不銹鋼是應用非常廣的耐腐材料，對常溫下一切濃度的硫酸都有良好的耐蝕性，值得一提的是含鉬的不銹鋼(如316、316L)對硫酸耐蝕性不僅不優于普通不銹鋼(如304、321)，有時甚至不如。而對于高溫濃硫酸，通常高溫化學泵會采用鈦及鈦合金材料。