該系統的主要影響因素是因在蛋白上引入標記物可導致蛋白生物活性改變,因為標記的結果,本質上是制造了一個由目的蛋白和標記物氨基酸序列融合而成新的蛋白。因此,使用該技術時,應該認識到是研究新的蛋白特性,而不是研究蛋白的原來特性。但實踐經驗表明這并不成為很大的問題,通過標記蛋白獲得的信息可以采用針對原始未標記蛋白的抗體證實。
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