（1）在生物領域的應用

該領域主要用于臨床測定生物樣品中某些成分的含量，生物技術及免疫技術的分析等，如脫氧核糖和脫氧核糖核酸的含量測定、DNA、抗體、抗原等各方面的研究。在此領域中主要時利用各種熒光探針進行分析檢測，主要分為生物納米熒光探針和生物非納米熒光探針。

其中納米技術的興起，打開了熒光分析的又一個新的領域。由于納米材料具有很好的熒光性，寬激發，窄發射等優良的光譜特點，使其成為熒光分析中的重要的研究對象，引起了研究者的興趣。

（2）在食品領域的應用

該領域主要用于食品中礦物質及金屬元素、氨基酸、維生素、菌類污染、添加劑、防腐劑、食品包裝有害物質、農藥殘留等的分析檢測。特別是與HPLC、TLC、FIA等技術的結合可以更好的達到食品中各種物質的檢測效果。

目前我國食品標準日趨國際化，對于食品分析的要求也越來越趨向于靈敏和微量化。熒光分析正可以滿足這方面的分析要求。

（3）在藥物分析中的應用

藥物分析領域可以利用熒光分析進行藥物的有效成分鑒定、藥物代謝動力學研究、臨床藥理藥效分析等。藥物熒光分析可以分為三類：直接熒光分析、間接熒光分析和納米熒光分析。常規熒光分析法很早被應用于分析抗瘧疾藥物奎寧，隨著熒光分析法的發展，其應用范圍日益擴大，目前被廣泛用于抗菌素藥物、止痛藥、鎮靜劑、止血藥等的分析。

（4）在環境分析中的應用

該領域主要利用熒光分析檢測環境中的物質的含量，主要是對水體、礦石和土壤進行檢測。隨著有機化工、石油化工、醫藥工業的發展， 以及農藥（ 殺蟲劑、除草劑等） 的大量使用， 有機化合物對環境的危害和污染日益嚴重。