檢測器溫度一般高于柱溫30攝氏度，或等于氣化溫度，以避免色譜柱流出物在檢測器中冷凝污染檢測器。
對于FID首先保證樣品在FID內部冷凝，才能進行檢測，其次，FID溫度不可低于100攝氏度，以避免水蒸氣在檢測器冷凝，導致檢測器內電絕緣下降，引起噪聲驟增，所以FID停機時必須在100攝氏度以上滅火，這是FID使用時必須嚴格遵守的操作。
應注意不同檢測器的溫度要求區別。
FID溫度一般設在200攝氏度以上。
檢測器池體溫度不能低于樣品沸點，以免樣品組分在檢測器內冷凝，因此對于某些樣品由于其沸點的限制，采用降低溫度法提高靈敏度是有限的，而對于氣體樣品，特別是性氣體，此法可取的良好的效果。
對于FPD，基于其檢測原理，硫、磷的光譜發射需要一定的溫度條件，一般講溫度低一些有利于提高樣品的靈敏度，因此為防止濕氣與污染物的干擾，FPD在整個色譜系統中溫度，通常比柱溫高50攝氏度以上。