施用于作物上的農藥，其中一部分附著于作物上，一部分散落在土壤、大氣和水等環境中，環境殘存的農藥中的一部分又會被植物吸收。殘留農藥直接通過植物果實或水、大氣到達人、畜體內，或通過環境、食物鏈終傳遞給人、畜。
農藥殘留是指農藥使用后殘存于環境、生物體和食品中的農藥母體、衍生物、代謝物、降解物和雜質的總稱。造成蔬菜農藥殘留量超標的主要是一些國家禁止在蔬菜生產中使用的有機磷農藥和氨基甲酸酯類農藥。食用含有大量高毒、劇毒農藥殘留引起的食物會導致人、畜急性中毒事故。長期食用農藥殘留超標的農副產品，雖然不會導致急性中毒，但可能引起人和動物的慢性中毒，導致疾病的發生，誘發癌癥，甚至影響到下一代。
目前農藥殘留物檢測百分之七十采用氣相色譜法來進行，使用氣相色譜法對食品、乳品、飼料、藥品中多種農藥殘留可一次進樣得到*的檢測。
農殘分析色譜儀可以分離檢測極性強、分子量大及離子型農藥，可用于不易氣化或受熱易分解的農藥的檢測。采用C18或C8填充柱，以甲醇、乙腈等水溶性有機溶劑作流動相，選擇紫外吸收、質譜、熒光或二極管矩陣為檢測器。
農殘分析色譜儀作為農藥殘留超標檢測常用也是便捷的儀器之一。由于分辯率高于其它色譜法，且檢測速度快，以及操作自動化，得以廣泛推廣。在農藥殘留檢測方面，由于氣相色譜法溫度較高易使樣品上農藥發生分解，農藥殘留含量檢測一般會采用液相色譜法。利用液相色譜法來檢測樣品農殘含量，無疑比其他色譜法具有操作簡單、檢測準確度高的優勢。
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