原則上講，分析型氣相色譜儀選擇氣體純度時，主要取決于①分析對象;②色譜柱中填充物;③檢測器。設備作常量或半微量分析，選用高純度的氣體，不但增加了運行成本，有時還增加了氣路的復雜性，更容易出現漏氣或其他的問題而影響正常操作。另外，為了某些特殊的分析目的要求特意在載氣中加入某些“不純物”，如：分析極性化合物添加適量的水蒸氣，操作火焰光度檢測器時，為了提高分析硫化物的靈敏度，而添加微量硫。操作時要氖的含量必須在5~25ppm，否則會在分析氫，氮和氬氣時產生負峰或“W”形峰等。
操作如何選用不同氣體純度的氣源做載氣和輔助氣體，我們建議在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體。這樣不但會提高(保持)高靈敏度，而且會延長色譜柱，整臺設備的壽命。然而當發現載氣純度不夠時，除了更換為更高純度的氣體外，還可以從以下方面來解決：
①分析對象：盡量避免用氣相色譜儀分析在高溫下容易發生氧化、還原、水解的化合物成分，避免樣品組分失真甚至消失而影響結果分析;
②儀器系統：裝機前，載氣和輔助氣管路要清洗干凈，并且氣體一定要安裝過濾凈化裝置，吸附氣體中殘存的干擾成分，同時注意過濾凈化裝置是否失效，并避免氣路調節閥受到污染而使調節精度降低，氣路污染影響分析型氣相色譜儀的靈敏度、損害儀器等;
③色譜柱：為了避免載氣中雜質的影響，可在分析柱前，連接上一段1m左右的同類型色譜柱，作為保護柱，一段時間后，更換前端保護柱就可以，避免分析型氣相色譜儀分析柱壽命縮短;或者運行一段時間后，將分析柱截掉1m左右，去除性能降低的部分色譜柱。
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