LC3000液相色譜儀的工作原理是流動相在累加器是高壓泵入系統，樣品溶液進入流動相，取樣器是流動相在色譜柱(固定相)，由于各種組件的樣品溶液兩個階段有不同的分配系數，相對運動的兩個階段，經過幾次的吸附-解吸過程中，各組分在移動速度上的分布有很大的差異，從逸出的色譜柱中分離出各個組分，通過檢測器，將樣品濃度轉換成電信號發送到記錄儀，數據以地圖的形式打印出來。
LC3000液相色譜儀適用于水性體系和有機溶劑體系。當使用的洗脫液為水溶液時，稱為凝膠過濾色譜法，它在生物學領域得到了更廣泛的應用。那么，如果進入氣泡怎么辦？
觀察氣泡在哪里！如果它在泵的前面，則擰下排氣閥。如果它進入儀器管線內部，請移開色譜柱，并以低流速用異丙醇沖洗過夜。如果難以進入色譜柱，請在反相色譜柱中使用純甲醇，降低入口并提高出口，以使氣泡出來。過夜的流量也很低。不要將檢測器連接到出口，并使用窺視管連接廢物。液體瓶可以。
LC3000液相色譜儀容易進入氣泡的地方是流動相的過濾頭。幾乎有99%的氣泡從那里進入，因此，當通過泵進入色譜柱時，需要添加一個PURGE閥。如果有氣泡，可以將它們直接排出，有時在更換系統時，由于有色譜柱時壓力太高，色譜柱無法承受，因此1-2ml/min的流速只能用于沖洗系統，但如果打開PURGE閥，則流速可設置為2-3甚至5ml/min。在這種情況下，轉換系統的速度非常快，從而節省了大量時間。
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