離子色譜柱填料的發展推動了離子色譜應用的快速發展，對多種離子分析方法的開發提供了多種可能性。
水合能高和疏水性弱的離子，如Cl-或K，用HPIC分離。水合能低和疏水性強的離子，如高氯酸(ClO4-)或四丁基銨，用親水性強的離子交換分離柱或MPIC分離。有一定疏水性也有明顯水合能的pKa值在1與7之間的離子，如乙酸鹽或丙酸鹽，用HPICE分離。有些離子，既可用陰離子交換分離，也可用陽離子交換分離，如氨基酸，生物堿和過渡金屬等。

離子色譜有多種檢測方式。例如測定過渡金屬時，可用單柱法直接用電導或脈沖安培檢測器，也可用柱后衍生反應，使金屬離子與PAR或其它顯色劑作用，再用UV/VIS檢測。一般的規律是：對無紫外或可見吸收以及強離解的酸和堿，用電導檢測器；具有電化學活性和弱離解的離子，用安培檢測器；對離子本身或通過柱后反應后生成的絡合物在紫外可見有吸收或能產生熒光的離子和化合物，用UV/VIS或熒光檢測器。若對所要解決的問題有幾種方案可選擇，分析方案的確定主要由基體的類型、選擇性、過程的復雜程度以及是否經濟來決定。對各種類型離子可選用的分離方式和檢測方式。

離子色譜中常用的兩種主要檢測器：電化學檢測器(包括電導和安培)和光學檢測器。在水溶液中以離子形態存在的離子，即較強的酸或堿，應選用電導檢測。具有對紫外或可見光有吸收基團或經柱后衍生反應后(IC中較少用柱前衍生)生成有吸光基團的化合物，選用光學檢測器。具有在外加電壓下可發生氧化或還原反應基團的化合物，可選用直流安培或脈沖安培檢測。對一些復雜樣品，為了一次進樣得到較多的信息，可將兩種或三種檢測器串聯使用。
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