電感耦合等離子體質譜儀以離子源、質量剖析器和離子檢測器為中心。離子源是使試樣分子在高真空條件下離子化的設備。離子源腔體和取樣錐孔、擋蓋用無塵紙和50%甲醇水清洗，一般一周一次。
前級機械泵隨著樣品的檢測會有有機溶劑進入到泵中，需要定期打開震氣閥震氣20min左右，震氣時間不能太長，太長會導致泵油消耗過快。根據檢測量來調整震氣的頻率，一般建議一周一次。
機械泵的泵油需要定期更換，一般半年更換一次，如果泵油看起來很臟，需要提前更換。更換泵油的時候需要將泵油全部倒出，再更換新的泵油，不同品牌的泵油不能混用。一般實驗室的電感耦合等離子體質譜儀都會在長假的時候進行大的維護。
一般日常維護除了更換泵油之外，都是不需要卸真空的狀態下進行的，質譜內部的清理和維護一般比較少做到，建議交給維修工程師來做，內部金屬件可以用氧化鋁粉來打磨，其他組件注意不要碰到有機試劑，尤其是密封圈之類的。
在使用電感耦合等離子體質譜儀前請確認并檢查以下條件:
1.常規ESI源已安裝完畢。
2.儀器已經正確安裝并且經過廠商工程師的檢測。
3.質譜儀屬于精密貴重儀器,未經專門培訓人員不得擅自開啟使用,更不得隨意“調校”氮氣和氦氣壓力或更改儀器參數等。
4.檢查液氮罐和氦氣鋼瓶是否有一定壓力,以便為測試樣品提供符合流速和壓力要求的氮氣和氦氣。
5.電感耦合等離子體質譜儀樣品溶液必須澄清透明,不含有固體微粒,不得將粗提物直接用于測定，以免堵塞噴霧針或者污染毛細管。測試用的液相溶劑體系不得含有不揮發性的酸、堿、鹽。
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