頻譜分析儀采用起始和終止頻率之間的頻率掃描。一個模擬斜坡信號產生該頻率掃描信號，而起始頻率由來自高精度的時間基準信號合成。于是，測量精度由模擬斜坡信號和IF濾波器的中心頻率所決定。
　　
　　基于FFT的分析儀，沒有這樣的模擬斜坡信號，故沒有這些因素的限制，從而在整個測量范圍內具有一致的精度。范圍內的精度則取決于時基和測量算法，故可以比較容易地獲得頻率精度和重復性。
　　
　　在傳統型掃描分析儀中，頻率誤差的原因包括基準頻率誤差，頻率范圍精度（范圍的5%）和RBW（RBW的15%）。相應地，在基于FFT的分析儀中的頻率誤差則包括基準頻率誤差和RBW，具體取決于測量算法，變化范圍為RBW的>50%到<10%之間。
　　
　　為了比較這些誤差，就必須忽略基準頻率誤差，這是因為可以使用一個像銣時鐘這類的精密頻率源來對其進行補償。在掃頻式頻譜分析儀中，當頻率范圍大于50kHz以及RBW設置超過1kHz時，測量性能將受到影響，除非采用*化的技術，例如將100MHz的頻率放置到頻率范圍的中心。
　　
　　如果采用較小的RBW，意味著測試時間的拉長，這是因為掃描時間的問題，因為通常的頻譜分析儀中需要150-200ms的掃描時間。測量算法限定了基于FFT的分析儀的測量精度。例如，*的光譜測量分析工具包中采用了內插技術，可實現比RBW能夠實現的更高分辨率，就像上述的例子中，RBW設置到2kHz將會保證更高的精度。
　　
　　基于FFT的分析儀采用可以實現測量的高RBW設置，即便是沒有利用精度優化的測量技術。這意味著在相同的測試時間內可以實現更快和更精密的測量。信號分析儀能夠執行長度小于20ms的測試樣本，這比頻譜分析儀高6倍。
　　
　　除非采用了合適的測量設置，否則即便是對于同一臺測試儀器，也會導致的測量結果很大變化。因此，深入理解工作原理對正確地設置測量儀器來說是至關重要的。