1.進口原裝elisa試劑盒甲基化的影響 
從帶有DNA甲基化酶基因的宿主菌中制備的DNA，其堿基的一部分已經被甲基化，因此即便使用能夠識別、切斷被甲基化部分的序列的限制酶，也幾乎無法切斷被甲基化的部分。被甲基化的部位，根據底物DNA及宿主種類的不同而不同。例如宿主菌為大腸桿菌的情況下，根據宿主的種類有以下兩種情況： 在進行轉化時，通常使用的菌株為C600、HB101、JM109等，因為都帶有dam、dcm甲基化酶，所以使用這些菌株制備的DNA時，必須注意。另外，動物由來的DNA，CG序列多為5mCG；植物由來的DNA，CG及CNG序列多為5mCG和5mCNG。 
2. Star活性 
限制酶在一些特定條件下使用時，對于底物DNA的特異性可能降低。即可以把與原來識別的特定的DNA序列不同的堿基序列切斷，這個現象叫Star活性。Star活性出現的頻率，根據酶、底物DNA、反應條件的不同而不同，可以說幾乎所有的限制酶都具有Star活性。并且，它們除了識別序列的范圍增大之外，還發現了在DNA的一條鏈上加入切口的單鏈切口活性，所以為了極力抑制Star活性，一般情況下，即使會降低反應性能，我們也提倡在低甘油濃度、中性pH、高鹽濃度條件下進行反應。 
3. 部分分解 
如果使用預計的限制酶對底物DNA進行作用，而未能*將其切斷，其原因除了上述兩點和酶失活之外，DNA的純度、反應阻害物的影響、DNA的種類等也有關系。進口原裝elisa試劑盒特別是由于DNA種類不同，它們的大小、切點數也不同，達到*分解時，所需要的酶量也不同，從這些數據中計算出的 [*分解1 μg DNA所需要的限制酶預計量] 與 [實際量]，也因限制酶的種類不同而有差別，這些差別被認為是酶同其識別位點周圍的結構親和程度而產生的。例如， 限制酶Nae I 在切斷pBR322 DNA時，就有著非常難以切斷的部位。另外，因反應液組成變化 （如添加精脒），也可以使切斷順序發生變化。 
4. DNA結合物質 
限制酶切反應后進行電泳時，有時會發生電泳帶無法確認、電泳帶擴散、電泳帶移動距離異常等問題，這是由于酶蛋白自身或其它雜蛋白與DNA結合在一起，使DNA沒有進入電泳凝膠中，或DNA難以被溴乙錠染色而造成的。發生這些現象時，在試樣中加入一些蛋白質變性劑 （如SDS，終濃度0.1%左右），便可改善電泳效果。 
5. 其它 
限制酶的保質期一般是在檢定日以后的三年內，但幾乎所有的限制酶在超過保質期后都不會急劇失活，因此購入后即使是經過長時間保存的酶，也*可以使用，但這些酶在使用前再測一次活性。另外，進口原裝elisa試劑盒保存酶時即便讓其凍結，大部分酶也不會急劇失活。