為進一步規(guī)范和加強國家重點實驗室的建設(shè)和運行管理，2008年8月29日，科技部、財政部聯(lián)合發(fā)布了《國家重點實驗室建設(shè)與運行管理辦法》。

    國家重點實驗室計劃從1984年開始組織實施，近年得到了快速發(fā)展，現(xiàn)有國家重點實驗室220個，固定人員1萬余人，儀器設(shè)備總值80多億元。在統(tǒng)籌部署、適度新建、定期評估、擇優(yōu)支持、動態(tài)管理等創(chuàng)新制度的推動下，國家重點實驗室已經(jīng)成為我國組織開展高水平基礎(chǔ)研究和前沿技術(shù)研究、聚集和培養(yǎng)科學家、開展學術(shù)交流的重要基地，在科學前沿探索和解決國家重大需求問題方面均做出了突出貢獻。原來的《國家重點實驗室建設(shè)與管理暫行辦法》（2002年）已執(zhí)行六年，得到了科技界的廣泛認同，對規(guī)范國家重點實驗室的建設(shè)和運行管理發(fā)揮了重要作用。

    《國家中長期科學和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要（2006-2020年）》明確指出，“加強國家重點實驗室建設(shè)，不斷提高其運行和管理的整體水平。”為貫徹落實十七大精神和《規(guī)劃綱要》，進一步加強國家重點實驗室建設(shè)，國家從2008年起設(shè)立了國家（重點）實驗室專項經(jīng)費，從開放運行、自主選題研究和科研儀器設(shè)備更新三方面，加大國家重點實驗室穩(wěn)定支持的力度。設(shè)立專項經(jīng)費有利于營造寬容失敗、摒棄浮躁、潛心研究的科研環(huán)境，是國家重點實驗室又好又快發(fā)展的重要保障，標志著國家重點實驗室進入了新的發(fā)展階段。專項經(jīng)費的設(shè)立對國家重點實驗室的管理提出了新的要求，為適應新的形勢，在總結(jié)國家重點實驗室計劃組織實施經(jīng)驗的基礎(chǔ)上，科技部聯(lián)合財政部對原管理辦法進行了修訂，并多次征求有關(guān)部門和國家重點實驗室代表的意見，修訂工作歷時近一年。

    新的《國家重點實驗室建設(shè)與運行管理辦法》主要修訂內(nèi)容包括：*，明確提出中央財政設(shè)立專項經(jīng)費，

支持國家重點實驗室開放運行、科研儀器設(shè)備更新和自主創(chuàng)新研究。第二，針對專項經(jīng)費的支持范疇，明確了自主研究課題、訪問學者制度、科研儀器設(shè)備更新和自主研制等內(nèi)容的程序、要求和辦法；第三，提出實驗室的建設(shè)、運行和發(fā)展要堅持穩(wěn)定支持、動態(tài)調(diào)整和定期評估的原則，并提出相應措施；第四，進一步加強對實驗室的日常管理，增加年度計劃和總結(jié)、對部分實驗室抽查等內(nèi)容，建立運行管理中的“預警機制”；第五，進一步強化對學術(shù)委員會的要求，確保學術(shù)委員會發(fā)揮作用；第六，進一步強化依托單位職責，明確依托單位應優(yōu)先支持實驗室發(fā)展。新的管理辦法還強調(diào)國家重點實驗室設(shè)備共享、數(shù)據(jù)共享、科學普及、成果轉(zhuǎn)化、與企業(yè)合作等內(nèi)容。

    科技部、財政部還將聯(lián)合制定發(fā)布《國家重點實驗室專項經(jīng)費管理辦法》，規(guī)范專項經(jīng)費的管理，提高資金使用效率。