熒光顯微鏡是用來觀察研究樣品熒光現象的光學顯微鏡，目前主要用落射照明技術，由光源、濾片系統、光路系統等組成。
        熒光光源——般采用超高壓汞燈(50一200W）或者高功率LED光源，它可發出各種波長的光，但每種熒光物質都有一個產生zui強熒光的激發光波長，所以需加用激發濾片（一般有紫外、紫色、藍色和綠色激發濾片），僅使一定波長的激發光透過照射到標本上，而將其他光都吸收掉。每種物質被激發光照射后，在極短時間內發射出較照射波長更長的可見熒光。熒光具有專一性，一般都比激發光弱，為能觀察到專一的熒光，在物鏡后面需加阻斷(或壓制)濾光片。它的作用有二：一是吸收和阻擋激發光進入目鏡、以免于擾熒光和損傷眼睛，二是選擇并讓特異的熒光透過，表現出專一的熒光色彩。兩種濾光片必須選擇配合使用。濾片系統是熒光顯微鏡的重要組成部分，由激發濾片、二向色性濾光片、發射濾片組成。激發濾片位于光源和標本之間，允許特定波長范圍的光通過，作為樣品的激發光。發射濾片位于物鏡和目鏡之間，允許標本發射的熒光通過，以獲得清晰的圖像。二向色性濾光片在激發濾片和發射濾片之間，是一種入射角為45º的干涉濾光片，它可以反射一定波長的光同時透過另外波長范圍的光線。
        熒光顯微鏡廣泛應用在生命科學領域，可對組織和細胞的結構、形態、蛋白質表達、亞細胞結構等進行定位、定性觀察及分析。