實驗中所用的玻璃儀器等清潔與否直接影響實驗的結果，往往由于儀器的不清潔或被污染而造成較大的實驗誤差，有時甚至會導致實驗的失敗。 做生物化學實驗對玻璃儀器清潔程度的要求，比一般化學實驗的要求更高，這是因為：①生物化學實驗中蛋白質、酶、核酸等往往都是以“毫克”和“微克”計的，稍有雜質，影響就很大；②生物化學實驗對許多常見的污染雜質十分敏感，如金屬離子（鈣、鎂離子等）、去污劑和有機物殘基等，因此玻璃儀器（包括離心管等塑料器皿）是否*清洗凈是非常重要的。
1. 初用玻璃儀器的清洗
新購買的玻璃儀器表面常附著有游離的堿性物質，可先用0.5％的去污劑洗刷，再用自來水洗凈，然后浸泡在1％～2％鹽酸溶液中過夜（不可少于4小時），再用自來水沖洗，zui后用無離子水沖洗兩次，在100℃～120℃烘箱內烘干備用。
2.使用過的玻璃儀器的清洗
做完實驗，應立即把用過的玻璃儀器洗刷干凈。這是由于那時污物比較容易清洗，同時由于了解污物的性質，有利于選用適當的洗滌方法。使用過的玻璃儀器的清洗，可先用自來水洗刷至無污物，再用合適的毛刷沾去污劑（粉）洗刷，或浸泡在0.5％的清洗劑中超聲清洗（比色皿決不可超聲），然后用自來水*洗凈去污劑，再用無離子水洗兩次。
玻璃儀器洗凈的標志是水傾出后，器壁上沒有水滴，否則重洗。若重洗后仍掛有水珠，則需用洗液浸泡數小時后（或用去污粉擦洗），重新清洗。
3.石英和玻璃比色皿的清洗
絕不可用強堿清洗，因為強堿會侵蝕拋光的比色皿。只能用洗液或1％～2％的去污劑浸泡，然后用自來水沖洗，這時使用一支綢布包裹的小棒或棉花球棒刷洗，效果會更好，清洗干凈的比色皿內外壁不掛水珠。
4. 塑料器皿的清洗
聚乙烯、聚丙烯等制成的塑料器皿，在生物化學實驗中已用的越來越多。*次使用塑料器皿時，可先用8mol/L 尿素（用濃鹽酸調pH = 1）清洗，接著依次用無離子水、1mol/LKOH 和無離子水清洗，然后用1～3 mol/LEDTA 除去金屬離子的污染，zui后用無離子水*清洗，以后每次使用時，可只用0.5％的去污劑清洗，然后用自來水和無離子水洗凈即可。
5.玻璃和塑料器皿的干燥
生化實驗中用到的玻璃和塑料器皿經常需要干燥，通常都是用烘箱或烘干機在110℃～120℃進行干燥，而不要用丙酮蕩洗后再吹干的方法來干燥，因為那樣會有殘留的有機物覆蓋在器皿的內表面，從而干擾生物化學反應。
定量的玻璃儀器不能加熱，一般采取控干或依次用少量酒精、乙醚刷洗后用溫熱的氣流吹干。硝酸纖維素的塑料離心管加熱時會發生爆炸，所以決不能放在烘箱中干燥，只能用冷風吹干。