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* 應對代謝物鑒定和確證，LTQ系列質譜可自動查找到所有可能的代謝物。

* 基于離子/離子化學的電子轉移解離(ETD)，LTQ XL離子阱是實現此技術的zui*儀器。ETD與CID互為補充，提高蛋白序列覆蓋率；保護不穩定PTM翻譯后修飾基團，簡化數據分析；單次進樣自動啟動CID和ETD。

* 母離子智能選擇：自動數據依賴多級質譜采集技術不僅能為用戶提供預測代謝物（母離子列表）結構信息，也能提供提供未預測的代謝物結構信息。此外，使用自動固定中性丟失數據依賴性（CNL)掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetWorks和MassFrontier分析軟件增強復雜基質鐘代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更加簡便。

* 應對蛋白質組學和生物標記問題，ETD解離技術使LTQ XL成為蛋白質組學研究更強大的分析工具。

* LTQ和LTQ XL質譜均可配置ETD裂解源，ETD能夠為線性離子阱提供類似ECD（電子捕獲解離）的裂解碎片，在生成大量肽段碎片的同時，保護不穩定的PTM翻譯后修飾集團，例如磷酸化翻譯后修飾。ETD功能與賽默飛世爾線性離子阱的高離子儲存量相結合，是蛋白質和肽類分析的新型有效工具。