按樣品導入可分為：
1）直接引入，將低揮發性、熱穩定性好的樣品直接裝在探針上進行電流加熱，樣品在高溫下揮發形成蒸汽，蒸汽被引至離子源中離子化。
2）間接引入，色譜引入和膜進樣。色譜引入是將樣品通過毛細管導入至離子源。而膜進樣則是采用硅聚合半透膜，阻擋基體和溶劑，并使小分子有機物通過膜壁。
按電離技術主要包含：
1）等離子體解吸[PD-MS]
2）快原子轟擊[FAB]
3）電噴霧[ESI]4）基質輔助激光解吸[MALDI]
按離子源主要包含：
1）電子電離[EI]，其離子化試劑為電子，適宜氣態樣品
2）化學電離[CI]，其離子化試劑為氣體離子，適宜氣態樣品
3）解吸電離[DI]，其離子化試劑為光子、高能粒子，適宜固態樣品
4）噴霧電離[SI]，其離子化試劑為高能電場，適宜熱溶液
按分析器主要包含：
1）雙聚焦質譜儀
2）四極桿質譜儀
3）飛行時間質譜儀[TOF-MS]
4）離子阱質譜儀[IT-MS]
5）傅立葉變換質譜儀[FT-MS]
按檢測器主要包含：
1）電子倍增管
2）離子計數器
3）感應電荷檢測器
4）法拉第收集器
按屬性組合主要包含：
1）氣相色譜質譜儀[GC-MS]
2）液相色譜質譜儀[LC-MS]
3）基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀[MALDI-TOFMS]
4）傅里葉變換質譜儀[FT-MS]
5）火花源雙聚焦質譜儀。
6）感應耦合等離子體質譜儀[ICP-MS]。
7）二次離子質譜儀[SIMS]
這些分類只是目前質譜分析的主要分類，根據分析樣品和目的的不同，運用不同的技術和組合會衍生更多的應用分類。在線質譜設備專業性相對較強，針對客戶不同的要求、檢測環境和檢測物質等都有著不同的儀器配置方案。故在項目購置時則需要尋找行業內較為的企業和相關專業人士進行詳細了解和配置方案的制定，從而得出性價比更高的解決方案。
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