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氣體純度的因素
毛細管離子色譜儀使用氣源的純度要求必須在99.99%以上，但是許多操作者對于不同氣相色譜儀檢測器要求不同氣源純度的情況沒有足夠的重視。在使用中，有可能因氣源純度不夠而導致毛細管離子色譜儀檢測基線和限高不穩定。例如使用純度為98%的氫氣作為檢測器的燃氣氣源，在檢測器的104MΩ靈敏度擋位上使用時，可能由于氫氣純度不夠而導致測器檢基線嚴重不穩，就好像有永遠顯示不完的波峰。載氣純度不高含有微量氧時就會影響到毛細管柱的使用壽命。
氣流比例的選擇的因素
在使用檢測器對樣品進行分析時，需要N2-H2-Air火焰被點燃后轉化為富氧焰，即空氣應該過量以確保氫氣*燃燒，三種氣體的比例為Air：H2=（6～8）：1，N2：H2=1：（0.85～1）或空氣量應該更大。在此條件下的毛細管離子色譜儀穩定性和靈敏度高，能夠保證作出的定量校正因子可靠。
環境條件的因素
色譜儀對溫度環境的要求并不特殊，一般在5～35℃的室溫條件下即可滿足操作要求，對于濕度環境一般要求在20%～85%為宜。在高濕度的地區，使用某些型號的色譜儀時，會因為環境濕度大而導致儀器的絕緣性能下降，若在高靈敏度擋位操作響應值則會下降。工作人員在使用毛細管離子色譜儀時遇到上述現象應該采取必要的措施。使用環境條件：相對濕度：﹤85%，工作環境溫度：15—30℃，電源電壓：220±10%，應配有光潔平整的工作臺。