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植物根系分析系統是用于對洗凈后的根系圖像進行多參數、批量的自動分析，主要由掃描成像系統、分析軟件和電腦組成。
測量項目：
根總長；
根平均直徑；
根總面積；
根總體積；
根尖計數；
分叉計數；
交疊計數；
根直徑分布參數；
根尖長分布參；
可不等間距地自定義分段直徑，自動測量直徑段長度、投影面積、表面積、體積等，及其分布參數；
可進行根系的顏色分析，確定出根系存活數量，輸出不同顏色根系的直徑、長度、投影面積、表面積、體積；
可進行根系的拓撲分析，自動確定根的連接數、關系角等，自動分析主根或一支側根的長度和分叉數等，可顯示標記根系的直徑段相應的參數（分檔數、檔直徑范圍可改，可不等間距地自定義），并能進行根的分叉裁剪、合并、連接等修正，修正操作可回退；
可用盒維數法自動測根系分形維數；
可批量自動根系分析，對分析結果圖可編輯；
分析圖像、分布圖、結果數據可保存，并輸出到Excel表，可輸出分析標記圖。
系統配置：
植物根系分析儀系統軟件
掃描儀
根系成像盤
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