分子熒光分光光度計是用于掃描液相熒光標記物所發出的熒光光譜的一種儀器。其能提供包括激發光譜、發射光譜以及熒光強度、量子產率、熒光壽命、熒光偏振等許多物理參數，從各個角度反映了分子的成鍵和結構情況。通過對這些參數的測定，不但可以做一般的定量分析,而且還可以推斷分子在各種環境下的構象變化，從而闡明分子結構與功能之間的關系。熒光分光光度計的激發波長掃描范圍一般是190~650nm，發射波長掃描范圍是200~800nm。可用于液體、固體樣品(如凝膠條)的光譜掃描。
熒光強度跟很多因素有關，如分子結構、存在狀態、溶液濃度或薄膜厚度、溫度、選擇的激發波長、測試狹縫寬度等因素。熒光強度在不同儀器上的測量值存在較大差異，不具有可比性，但是其峰位還是較容易確定的，可以用來判斷何種物質。進行熒光定量分析，必須固定一些條件。
分子熒光分光光度計的基本結構分以下五種：
1.光源：為高壓汞蒸氣燈或氙弧燈，后者能發射出強度較大的連續光譜，且在300nm-400nm范圍內強度幾乎相等，故較常用。
2.激發單色器：置于光源和樣品室之間的為激發單色器或單色器，篩選出特定的激發光譜。
3.發射單色器：置于樣品室和檢測器之間的為發射單色器或第二單色器，常采用光柵為單色器。篩選出特定的發射光譜。
4.檢測器：一般用光電管或光電倍增管作檢測器。可將光信號放大并轉為電信號。
5.樣品室：通常由石英池(液體樣品用)或固體樣品架(粉末或片狀樣品)組成。丈量液體時，光源與檢測器成直角安排；丈量固體時，光源與檢測器成銳角安排。
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