ATCC細胞培養過程中的污染不僅僅指微生物，而且還包括所有混入培養環境中的、對細胞生存有害或造成細胞不純的物質，包括生物和化學物質。

一、細菌污染

細菌污染是實驗室細胞培養中常見的污染，即使在細胞培養液中加入了抗菌素（一般為預防劑量），也可能因為操作不慎而引起污染。Z常見的有革蘭氏陽性菌，如枯草桿菌以及大腸桿菌、假單胞菌等革蘭氏陰性菌，其中又以白色葡萄球菌較常見。

培養ATCC細胞受細菌污染后，會出現培養液變混濁，pH改變。也有的培養液肉眼觀察無多少改變，只能在鏡下發現菌體才知污染。所以，每天應仔細觀察。污染后細胞發生病理改變，胞內顆粒增多、增粗，Z后變圓脫落死亡，造成試驗失敗和細胞株（系）丟失。

二、支原體污染

支原體是介于細菌與病毒之間能獨立生活的Z小微生物，Z小直徑0.2μm，一般過濾除菌無法去除它，光鏡下難以看清它的形態結構。開始不易發現，能在偏堿條件（pH7.6～8.0）下生存，對青霉素有抗藥性。多吸附于細胞表面或散在于細胞之間。電鏡下可見其有三層結構，無細胞壁，中央有電子密度大的密集顆粒或絲狀的中心囊。

培養細胞受支原體污染后，部分敏感細胞可見細胞生長增殖變慢，部分細胞變圓，從瓶壁脫落。但多數細胞污染后無明顯變化，或略有變化，若不及時處理，還會產生交叉污染。

三、真菌污染

真菌污染是ATCC細胞培養過程中Z常見的一種，尤其在霉雨季節進行細胞培養更易污染。Z常見的真菌有煙曲霉、黑曲菌、孔子霉、毛霉菌、白色念珠菌和酵母菌。

培養細胞受真菌污染后，可見培養液中漂浮著白色或淺黃色的小點，有的散在生長，培養液一般不發生混濁；倒置顯微鏡下可見絲狀、管狀或樹枝狀的菌絲縱橫交錯在細胞之間或培養基中，有的呈鏈狀排列。念珠菌和酵母菌呈卵圓形散在細胞周邊和細胞之間。個體細小，有增多趨勢。鏡下看時，要將培養瓶用酒精棉球擦干凈，以防止與瓶外尤其瓶底外面生長的菌絲相混淆。真菌污染后，細胞生長變慢，但Z后由于營養耗盡及毒性作用而使細胞脫落死亡。

四、非同種細胞污染

由于細胞培養操作時各細胞株所需的器材和溶液沒有嚴格分開，操作不當，往往會使一種細胞被另一種細胞污染。如“靈長類”細胞系發現猴和鼠類細胞的混合物，ERK/KD細胞是從兔腎中分離出來的，而現在句卻認為是HeLa細胞。目前，世界上已有幾十種細胞都被HeLa細胞所污染，致使許多實驗宣告無效。

五、病毒污染

采用組織ATCC細胞培養法疫苗，如果沒有除去潛在病毒的組織培養物，會產生病毒污染。目前，從原代猴腎細胞的培養中已發現不少于20種血清性病毒。盡管病毒污染的細胞不影響原代培養，但疫苗是不安全的。若二倍體細胞系有SV40或多發瘤病毒，B淋巴細胞含EB病毒，細胞和會發生變異、轉化，形成異倍體的細胞系。因此，潛在病毒是細胞大量和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。