根據不同的標本及不同的培養目的，可選用不同的培養方法。通常把細菌的培養方法分為需氧培養、二氧化碳培養、微需氧培養和厭氧培養四種。

1．需氧培養

是指需氧菌或兼性厭氧菌在有氧條件下的培養，將已接種好的平板、斜面、液體培養基等在空氣中置35℃孵育箱內孵育18~24h，無特殊要求的細菌均可生長。少數生長緩慢的細菌需要培養3-7d甚至1個月才能生長。為使孵育箱內保持一定的濕度，可在其內放置一杯水。對培養時間較長的培養基，接種后應將試管口塞好棉塞或硅膠塞后用石蠟-凡士林封固，以防培養基干裂。

2．二氧化碳培養

某些細菌，在初次分離時，須在5%~10%二氧化碳環境中培養才能生長。常用的培養法如下。

①二氧化碳培養箱法：二氧化碳孵箱能自動調節二氧化碳的含量、溫度和濕度，培養物置于孵育箱內閣，孵育一定時間后可直接觀察生長結果。

②燭缸培養法：取有蓋磨口標本缸或玻璃干燥器，將接種好的培養基放入缸內，點燃蠟燭后放在缸內稍高于培養物的位置上，缸蓋或缸口均涂以凡士林，加蓋密閉。因缸內蠟燭燃燒氧逐漸減少，數分鐘后蠟燭自行熄滅，此時容器內二氧化碳含量約占5%~10%。將缸置于35℃普通孵育箱內孵育。

③氣袋法：選用無毒透明的塑料袋，將已接種標本的培養皿放入袋內，盡量祛除袋內空氣后將開口處折疊并用彈簧夾夾緊袋口。使袋呈密閉狀態，執斷袋內已置的二氧化碳產氣管（安瓿）產生二氧化碳，數分鐘內就可達到需要的二氧化碳培養環境，置于35℃孵育箱內孵育。

④化學法：常用NaHCO₃-鹽酸法。按每升容積稱取NaHCO30.4g與濃鹽酸0.35ml比例，分別置容器內，連同容器置于玻璃缸內，蓋緊密封，傾斜缸位使鹽酸與NaHCO3接觸而生成二氧化碳。于35℃孵育箱內孵育。

3．微需氧培養

微需氧菌培養在大氣中及絕對無氧環境中均不能生長，在含有5%-6% 氧氣，5%-10%二氧化碳和85%氮氣的氣體環境中才可生長，將標本接種到培養基上，置于上述氣體環境中，35℃進行培養即微需氧培養法。

4．厭氧培養

厭氧菌對氧敏感，培養過程中需造成低氧化還原電勢的厭氧環境。厭氧培養常用的方法有：物理法、化學法、生物法。如厭氧罐培養法、氣袋法、厭氧手套箱法、需氧菌共生厭氧法等。