菌種用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來源于自然界大量的微生物，從中經分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產。使優良菌種的性狀保持穩定，人為地創造條件，使菌種的新陳代謝活動處于不活潑狀態，即選取優良菌種的休眠體(孢子或芽孢)或富有生命力的懸浮液在低溫或脫水狀態下保存 。

低溫存法

1. 簡單保存法，將瓊脂斜面孢子培養物、菌絲懸浮液以及由麩皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培養物置于4℃冰箱保存,保存時間不超過1~2個月，若將谷物原料制備的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蠟,以隔絕外界空氣和水汽,保持時間可達3~4個月;

2. 液氮超低溫保存法，將生長穩定期的細胞懸浮在10%甘油或其他低冰點液體中，密封于安瓿管內，然后控制冷卻速度，使安瓿管溫度逐步下降至 -35℃時，即可置于-150~-196℃的液氮罐中保存。大多數微生物如病毒、噬菌體、多種細菌、放線菌、酵母和原蟲、特別是一些用冷凍干燥法有困難的微生物，都可用此法長期保存。

脫水存法

1. 沙土保存法，能產孢子的細菌、放線菌及霉菌可采用此法保存,即將沙和土以3:2比例混合，經稀酸處理洗凈過篩,裝入小試管內,裝置高度為1cm;滅菌2~3次，烘干后即可將在斜面培養基上生長良好的孢子，用無菌蒸餾水2~2.5ml制成孢子懸液，吸取少許加入沙土管中，經真空抽干，外觀呈松散狀態,于4℃冰箱保存，保存期可達5~7年。

2. 冷凍干燥法,將孢子懸浮液與保護劑(一般用脫脂牛奶或血清)相混合，放在安瓿管內于-20~-30℃的乙醇浴中速凍。然后，在低溫下用真空泵抽干，并用五氧化二磷或干冰使水汽結凍，熔封安瓿管，于低溫下保存。保存期可達5~10年之久。

3.  石蠟油封存法，在斜面菌種培養物上,倒上滅菌后的石蠟油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低溫干燥處保存，此法不適用于能利用石蠟油作碳源的微生物，保存期為一年以上。