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一、色譜柱使用前注意事項
色譜柱的儲存液無特殊說明，均為評價報告所示的流動相。在使用前，一定要注意色譜柱的儲存液與要分析樣品的流動相是否互溶。對于在正相條件下評價的色譜柱，如果使用的條件為反相時，請用一個中介流動相（如異丙醇）先置換掉柱內的儲存液，然后再應用于反相條件，否則，會對色譜柱造成極大的傷害，將會明顯地減少色譜柱的使用壽命。在反相色譜柱中，如用高濃度的鹽或緩沖液作洗脫劑，一定不要把色譜柱直接接上，應先用10%左右的低濃度的有機相洗脫劑過度一下，否則緩沖液中的鹽在高濃度的有機中很容易析出，而使色譜柱堵塞，無法恢復。
二、色譜柱的使用方向
色譜柱標簽上的箭頭所示方向是裝填和評價時流動相流動的方向，使用過程中流動相的方向也應按此方向。
三、流動相
流動相中所使用的各種有機溶劑要盡可能地使用色譜純，或至少是分析純試劑；配流動相的水是超純水或者是全玻璃器皿的雙蒸水。如果將所配得流動相再經過0.45或0.22μm的濾膜過濾一次則更好，這一點對含鹽的流動相尤為重要。另外，裝流動相的溶器和色譜系統中的在線過濾器等裝置應該定期清洗或更換。總之，必須保證所使用的流動相和色譜系統是足夠的清潔。
四、樣品
樣品也要盡可能的清潔，同樣可選用樣品過濾器或樣品預處理柱（SPE）對樣品進行預處理；若樣品不便處理，要使用保護柱。在用正相色譜法分析樣品時，如無特殊要求，所有的溶劑和樣品都應嚴格脫水。
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