mRNA為單股，一般會卷繞成特定的三級結構，并與某些蛋白質結合，而以messenger ribonucleoprotein particles （mRNPs） 的型式存在于細胞內；自細胞抽取RNA時，一般會以特定步驟去除蛋白質，但仍難*破除RNA的二/三級結構。 由于進行電泳分析時，影響核酸泳動速率的因子主要包括核酸的長度與構形 （conformation），為了去除核酸構形所造成的影響，一般以電泳分析RNA時都采用變性膠體電泳；在進行這一類電泳分析時，由于RNA已經被變性 （denature），影響其泳動速率的因子主要是長度。 一旦RNA以變性膠體電泳解析好，即可進一步進行北方轉印與雜合分析。

在進行RNA變性膠體電泳分析時，如果所要分析的RNA比較小 （<1,000 bases），可以選用聚丙烯酰胺膠體 （polyacrylamide gel），此時所使用的變性劑 （denaturing reagent） 主要是尿素 （urea）；這個方法一般也被用來分析核酸定序反應的產物。若所欲分析的RNA 分子較大， 可采用變性洋菜膠體電泳 （agarose gel electrophoresis），所使用的變性劑為 （1） glyoxal/dimethyl sulfoxide （DMSO） 或 （2）甲醛。 以glyoxal/DMSO系統進行電泳分析時，所使用的電泳緩沖液為10 mMsodium phosphate buffer （pH 7.0）；為了避免電泳進行過程中，電泳槽兩邊的pH落差過大，以致影響電泳的進行，能在兩極的間加裝電泳緩沖液循環裝置，而且核酸泳動速率也應盡量放慢。以甲醛為變性劑時不會有這些問題，因此操作比較省事，但必須注意，甲醛氣體為有毒物質，配制甲醛洋菜膠體及進行電泳分析時應在抽氣櫥里操作。 本實驗將采用甲醛洋菜膠體電泳法。

清理電泳槽：能否將RNase去除干凈是RNA相關實驗成功與否的主要決定因子。在進行RNA電泳分析時，為了避免RNase可能帶來的問題，實驗室內能騰出一套電泳器材，專門用于RNA的分析。如果所使用的電泳槽及鑄膠器一般也用于進行DNA分析的話，在進行RNA變性膠體電泳分析前應仔細地加以清理；清理時除了以中性清潔劑*沖洗干凈外，再用3%過氧化氫 （H2O2） 浸泡10 min。