動物死后剖檢診斷可見臨床病理變化主要局限在接受門脈供血的器官內，以肝臟和腸管病變較為嚴重。肝的損傷是該病的特征之一。盲腸黏膜有蟲卵結節或潰瘍，腸壁肥厚，腸系膜靜脈血管內有大量的蟲體寄生。肝臟早期淤血，炎性細胞浸潤，癥狀嚴重后，表面和切面出現栗粒樣結節。鏡檢可見靜脈內壁及周圍發炎，肝細胞變性和灶性凝固使壞死。嚴重者肝呈暗褐色，肝表面有大小不等的結節，質地堅硬。由于成蟲定居于腸系膜下靜脈內產卵，故變化明顯；主要表現有黏膜充血、水腫，有粟粒樣結節和淺表潰瘍，腸黏膜潰瘍邊緣腸腺有灶性增生并形成息肉，腸壁往往增厚。
該病生前診斷主要是實驗室檢驗臨診癥狀可供作輔助診斷。診斷該病在糞中查見蟲卵或孵出毛蚴或作腸黏膜活檢查到活卵或近期變性卵為確診依據。由于血吸蟲寄生于宿主腸系膜血管，雖說其蟲卵可隨潰瘍的腸黏膜被排入腸腔，使之在糞便中有機會查見病原體，但是當腸壁出現纖維化后，很難通過檢查糞便作出病原診斷，加之做病原檢查的方法操作煩瑣，效率低，故常采用免疫學的方法來輔助診斷血吸蟲病。血吸蟲病的病原診斷，主要是通過糞便或直腸組織中有無蟲卵確定。糞便中找到蟲卵、毛蚴或直腸黏膜中找到活卵或近期變性卵即可確診。
蟲卵檢查
（1）直接涂片法 在玻片上滴加生理鹽水，然后取火柴頭大小的糞便涂抹均勻玻片，鏡檢。此法簡便，但效果較差，往往查不到牛糞中的蟲卵。
（2）糞便沉淀法和毛蚴孵化法 采取新鮮糞便加水調勻，經銅紗過濾，反復清洗，取沉淀物涂片鏡檢，觀察有無血吸蟲卵；將沉渣于20一30~C下孵化，4～6L和12h后各觀察1次，觀察有無毛蚴孵出。為了提高檢出效率，以沉淀法結合孵化法同時進行為宜。如只進行一項時，以孵化法為好，其陽性檢出率高于沉淀法。糞便檢查法應在春季、秋季、夏季進行，冬季檢出率不高。為了提高檢出率，應對每個動物采取糞樣3次，每次糞樣檢查2次。
（3）直腸黏膜檢查法 取直腸黏膜一小塊，置于兩玻片間，制成壓片鏡檢，然后根據蟲卵的形態判別。
（4）尼龍絹篩集卵法 此法是診斷慢性血吸蟲病的方法。將較多量的糞便，經三個不同孔徑篩去細糞渣。即*個粗篩去粗糞渣，第二個尼龍再經消化進一步去除糞渣，第三個尼龍篩收集蟲卵
