標記蛋白具有許多優點。原則上，該方法為檢測各種細胞成分中感興趣的蛋白提供廠新的手段。
①如果開放閱讀框已經被克隆化，但是由于蛋白是新發現的，或者由于蛋白免疫原性較弱， 目前尚沒有針對該蛋白產物的抗體時，此標記技術具有重要的應用價值。隨著基因組的研究，由基因工程進入蛋白工程，標記技術顯得越來越重要。
②由于標記物不是天然蛋白氨基酸序列的固有部分，與標記物結合的試劑在進行蛋白提純過程中，對蛋白功能產生影響的可能性較小。
③只要具備適當的載體，標記蛋白可在任何細胞中進行表達；例如，相同的標記蛋白既可在細菌中表達，又可在昆蟲細胞系統中表達。
④標記物的定位特性以及與其他分子的相互作用，可通過穩定轉染細胞中的表達進行監測。標記物用于細胞染色和免疫印跡中檢測蛋白，對區分內源性的未標記蛋白和外源性蛋白效果較好。
⑤標記物可用于免疫沉淀試驗，由于抗標記物抗體的高度特異性，可以檢測結合在標記蛋白上的其他感興趣的目的蛋白。
⑥標記技術可用于純化表達的蛋白，其特點是由于洗脫方法非常溫和，可以純化活性蛋白或蛋白復合物。
⑦因為每個標記物是*的，有可能在同一細胞表達系統中同時表達多種標記物以研究蛋白質之間的相互作用或進行共定位（colocalization）。也可以使用多種標記物對同一蛋白或蛋白復合物進行純化，如按順序地使用2種標記物純化蛋白質時，可取得較好的效果。
隨著標記物技術的廣泛應用，已出現了范圍越來越廣泛的商品化產品，極大地推動了該技術的發展。表位作圖和新的標志蛋白以及蛋白和配體相互作用研究的成功，導致了大量新的標記系統不斷出現，然而目前還沒有適用于各種研究所需的標記物。在某些研究工作中，有必要使用多種不同的標記物，以證明標記物是否對蛋白活性產生影響。
DNA重組標記技術的兩種主要用途是蛋白檢測和蛋白純化，但兩種應用目的對標記物的特性要求不同。雖然大多標記物可用于蛋白的檢測和蛋白純化，但是某些標記物只適用于其中之一。
