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PACBIO RS測(cè)序儀簡(jiǎn)單介紹

時(shí)間:2011-10-29閱讀:1502
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PACBIO RS測(cè)序儀作為第3代測(cè)序儀終于誕生了,與之前測(cè)序儀相比,它究竟好在哪里,有哪些優(yōu)點(diǎn)呢?

與其他單分子測(cè)序儀類似,PacBio RS在標(biāo)記的核苷酸摻入到單鏈DNA分子時(shí)讀取那一瞬的熒光。然而,這項(xiàng)技術(shù)的與眾不同之處在于錨定的DNA聚合酶實(shí)時(shí)處理核苷酸結(jié)合。大部分第二代測(cè)序技術(shù)需要洗掉聚合酶周圍的核苷酸,簡(jiǎn)化檢測(cè),但減慢了整個(gè)過程。PacBio RS則避免了多次洗滌的需要,將單個(gè)DNA聚合酶錨定在反應(yīng)孔的底部。

標(biāo)記的核苷酸涌入反應(yīng)孔,自由擴(kuò)散。當(dāng)聚合酶檢測(cè)到正確的核苷酸時(shí),便將其摻入新生鏈中,這個(gè)過程需要幾毫秒,而單純的擴(kuò)散只需要幾微秒。這種時(shí)間差使摻入的核苷酸產(chǎn)生了很高的信號(hào)強(qiáng)度,類似于脈沖信號(hào)。反應(yīng)孔的底部有一個(gè)非常小的孔,小到比探測(cè)激光的單個(gè)波長(zhǎng)還要短。激光波長(zhǎng)為600 nm,在進(jìn)入反應(yīng)孔后迅速衰減,因此,只有底部30 nm被照亮,讓孔外的標(biāo)記核苷酸處于黑暗之中,從而大大降低了背景信號(hào)。

 

鑒于PacBio RS實(shí)現(xiàn)了DNA聚合過程的實(shí)時(shí)檢測(cè),所以研究人員能在短短的幾分鐘內(nèi)對(duì)長(zhǎng)片段DNA進(jìn)行測(cè)序。從樣本制備到測(cè)序,所需的時(shí)間還不到一天。典型的測(cè)序運(yùn)行時(shí)間低至30分鐘。這在之前是無法想象的。此外,PacBio RS目前的讀長(zhǎng)超過1kb,比第二代測(cè)序要長(zhǎng)得多。試劑消耗和樣本制備也極少,不需要常規(guī)的PCR擴(kuò)增,失誤也大大減少。

總的說來,測(cè)序速度、讀長(zhǎng)、靈活性讓PacBio RS從第三代測(cè)序儀中脫穎而出。




 

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