氣相色譜質譜儀是一種質譜儀。由于吸附劑對每個組分的吸附力不同，經過一定時間后，各組分在色譜柱中的運行速度也就不同。吸附力弱的組分容易被解吸下來，而吸附力強的組分不容易被解吸下來，氣相色譜質譜儀廣泛應用于石油化工、醫藥行業、農業及食品安全等領域；環境中有機污染物分析；農殘、藥殘分析；香精香料香氣成分分析；紡織品行業中的有害物質檢測。
在氣相色譜質譜儀操作過程中，鑒定器有時受固定相流失及樣品中的高沸點成分、易分解及腐蝕性物質的作用而被沾污，以至不能正常進行工作，因而提出了如何清洗鑒定器的問題。若沾污的物質于高沸點成分，通常可將鑒定器加熱至高使用溫度后，再通入載氣，就可清除。使用有放射源的鑒定器時加熱要多加小心，例如通常以氚源作成的電子捕獲鑒定器一般都不能超過２００度，此外還應注意加熱的溫度不能損壞鑒定器的絕緣材料。
如用加熱法不適宜，也可以用純的丙酮等溶液從進樣口注入（每次可注入幾十微升）進行清洗，這在沾污程度較輕時是有效的。
氣相色譜質譜儀發展前景
目前氣相色譜質譜儀的聯用已經成為其發展趨勢，較為常用的有頂空-氣相色譜、與質譜的聯用、熱解析技術的聯用等。
1與質譜聯用
氣相色譜質譜儀的聯用，是開發早，也是現在氣相色譜聯用技術中應用為廣泛的。與質譜的聯用，克服了氣相色譜本身定性差的缺點，也發揮了色譜快速分離的優點，能達到更好更準確分析污染物的目的。蔡曉剛等通過案例分析，充分說明了便攜式GC-MS在應急環境監測中的應用。
2與紅外光譜聯用
紅外光譜法（IR）具有難以界定混合物的缺點，IR與GC的聯用，利用GC能快速分離混合物的優點和IR能提供化合物分子結構的優點，是分析混未知合有機物的重要手段。
氣相色譜質譜儀法具有使用成本低，分離效率高，靈敏度高等一系列的優點，被廣泛使用于環境監測、食品藥品監測等各個領域。隨著氣相色譜技術的發展，及其聯用技術的深入研究，氣相色譜質譜儀必將在未來的各個領域發揮其不可以或缺的重要作用。
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