1. 機器應安裝在無強電磁場及輻射能量，周圍溫差變化較小的室內。為保證二氧化碳培養箱控溫精度，建議在15-25℃的環境下使用。
2. 二氧化碳培養箱未注水前不能打開電源開關，否則會損壞加熱元件。
3. 培養箱運行數月后，水箱內的水因揮發可能減少，需及時加水。
4. 二氧化碳培養箱可以做高精度恒溫培養箱使用，這時須關閉CO2控制系統。
5. 箱內濕熱環境易滋生細菌，可在1000ml水中加2ml新潔爾滅液，定期用酒精和紫外線消毒箱內空氣，培養物酒精擦拭入箱內，減少箱內微生物滋生速度。
6. 顯示溫度超過置定溫度1℃時，超溫報警指示燈亮，并發出尖銳報警聲，這時應關閉電源30分鐘，若再打開電源（溫控）開關仍然超溫，則應關閉電源并報維修人員，并用空調降低周圍環境溫度。
7. 鋼瓶開啟前，一定要擰松減壓閥，防止輸氣膠管爆破。鋼瓶壓力低于0.2MPa時應更換鋼瓶。
8. 盡量減少打開玻璃門的時間。在打開二氧化碳培養箱內門時，應先關閉二氧化碳控制開關。
9. 如果二氧化碳培養箱長時間不用，關閉前必須清除工作室內水分，打開玻璃門通風24小時后再關閉。使用或長期不用重新使用機器時，在正式培養前應做污染檢查。
10. 搬運培養箱前必須排出箱體內的水。搬運前應拿出工作室內的擱板和加濕盤，防止碰撞損壞玻璃門。搬運培養箱時不能倒置，同時一定不要抬箱門，以免門受損。
11. 二氧化碳零點是否飄移，可通過二氧化碳氣體測試儀，從控制盤上的采樣口采到培養箱內的氣體，然后用氣體色譜儀測得二氧化碳濃度。
12. 二氧化碳培養箱應有良好的接地裝置，以保證安全。