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免疫共沉淀的優點
1. 相互作用的蛋白質都是經翻譯后修飾的，處于天然狀態。2. 蛋白的相互作用是在自然狀態下進行的，可以避免人為的影響。3. 可以分離得到天然狀態的相互作用蛋白復合物。免疫共沉淀的缺點
1. 可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；2. 兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；3. 必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。
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