開宗明義
MALDI,即基質輔助激光解析電離(Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization),是指離子源,也就是激發部分。這就好像有圓形單頭和尖形單頭,有的善于穿甲、有的善于爆破。MALDI離子源屬于軟電離,相比之下還有其他離子源,其電離方式也不盡相同。比如見的ESI源(電噴霧離子源,一般前端接液相色譜儀HPLC)、APCI源(大氣壓離子源)等。
TOF一詞指的是飛行時間質譜分析器,如果還用做比較的話,就好比是槍管,有“來復”和“滑膛”之分——不同的“槍管”(即質譜檢測器)其原理及所擅長的領域也有所不同。飛行時間(TOF)和離子阱(Trap)檢測器善于定性,四級桿(Q)檢測器善于定量,那么有沒有可能兼顧定性和定量呢?有的,就是把這些方法結合起來——于是乎,諸如Q-TOF、Q-Trap等串聯質譜就應運而生了。
天作之合
TOF作為一種質譜分析器,可以和不同的離子源相結合,比如ESI源,這種組合就是ESI-Q-TOF(這里的“Q”是四級桿分析器,做質量數篩選的)。然而,ESI是一種連續性的離子源,就好比溪水,源源不斷。而TOF呢,卻偏偏是一種非連續性的質譜檢測器,如噴泉一般汩汩而出。其原理就好比賽跑:必須等所有的選手站在同一個起跑線上,然后一聲“槍”響(釋放離子門的電壓),各個選手在真空無場的情況下,在同一初始動能下開始運動。
就和真正的比賽一樣,帶電的粒子必然有的早到、有的晚到,甚至有的不到(半路湮滅了),所有的這一切都在電光火石之間發生了,卻依賴于電子部件得以記錄,并把飛行時間反推為粒子的質量數(或許可以簡單理解為待測物質的原子量),如此一張工業感十足的質量數指紋圖譜就出現了。如果這張圖譜是用標準已知細菌做出的,我們就可以簡單地將其理解為標準指紋圖譜。
無偶,偏偏MALDI源的電離方式要依賴于激光對待測物的轟擊,這種轟擊的頻率從每秒50次到2000次不等,記為50~2000Hz。不難看出,MALDI源也是非連續性的,MALDI和TOF的結合是技術發展的必然。是TOF拯救了MALDI,或者說,此兩者是相互成就著彼此。
阿喀琉斯之踵
一般來說,靈敏度和分辨率往往是魚和熊掌不可兼得的,甚至可以把自稱“兼得”者稱為現行偽科學或者潛伏期很長的偽科學。MALDI離子源固有其優勢所在,然而由于沒有經過預先分離(如HPLC。一般來說,質譜前端會連接分離設備,比如氣相色譜、液相色譜,其目的在于對混合物樣品進行初步分純。),因此難免魚龍混雜,泥沙俱下,為后端的TOF鑒別造成了極大的難度。
再看TOF,其分辨率主要依賴于粒子的飛行距離,同樣以賽跑做比喻:如果兩位選手難分伯仲,不妨延長跑步長度,50m不行就100m,100m不行就500m。然而,賽道是不可能無限延長的,怎么辦呢?就像游泳比賽,同樣可以通過數次折返達到延長比賽距離的目的。對于質譜而言,鑒于生產加工的難度和安裝調試的條件要求,直接延長飛行管長度未免膠柱鼓瑟。于是乎,聰明的科學家利用波粒二象性發明了反射“V”字飛行,如果“V”字還不行,就“W”字飛行。這樣一來,也許分辨率問題解決了,但是經過反射,粒子的靈敏度喪失了。
一言以蔽之,如果說某種技術既缺乏靈敏度,又缺乏分辨率,那么MALDI-TOF就當之無愧,這就是其被稱為高分辨質譜中的低分辨的原因。
在細菌鑒定的功能出現之前,特別是ESI離子源大行其道的當今,MALDI-TOF是一個極為小眾的存在:求生不行(用不起來),求死不得(在某些領域,比如聚合物等分析方面尚有需求)。甚至在迭代頻繁的分析儀器屆,某些重要的MALDI-TOF廠家已經有十余年沒有更新型號了。
孔北海知世間有劉備耶?
如果把MALDI-TOF比作劉備,則細菌鑒定的需求就好比是被黃巾圍困在北海的孔融。需求成就了市場,技術造就了英雄。
想象自己是一位細菌檢驗員吧,如果能夠把分純的菌落直接涂抹就能鑒定該多好啊!對于儀器廠商而言,使用者有需求,微生物質譜就這樣出現了。
細菌有穩定表達的核糖體蛋白,并且非常便于在大氣壓下前處理(涂靶板、加基質液),再者,由于細菌的特征性質譜峰和質量圖來自于細菌全細胞蛋白(核糖體蛋白、 細胞膜蛋白)按照質荷比(M/Z)的分離排列,因此用已知細菌指紋圖的方式對未知細菌進行鑒定就變得前途amazing。
0“路線確定之后,干部就成了決定性因素了”,于是,開始建庫吧!韓信點兵,多多益善。
比大還“大”
借助蘋果slogan的中文神翻譯,我們或者可以理解這樣一點:對于菌庫而言,大就一定好嗎?這涉及到一個關于建庫的方法學問題,用一株菌來代表其所在的種,以其質譜圖作為該細菌的標準譜圖,這樣做無疑是的“高效”方法,此謂之“演繹法”。雖然該路線簡潔、可塑,卻不免歧路亡羊——畢竟對于使用者而言,我們不希望見到一個樣品給出多個建議的結果,而是給一個非此即彼的答案。
所謂“蘿卜快了不洗泥”,另一種路線則強調樣本的多樣性,多收集不同地區、不同培養環境的“蘿卜”,建庫速度固然差強人意,但準確性則大大增高,這種方法就是“歸納法”——梅里埃數據庫就是這樣的建立的。
不難看出,所謂比大還“大”,往往就是莊子所說的“大而無當”啊。
怎樣才能做到精準建庫呢?我們不妨用人來做比方,譬如一個屋子里做了3000個人,來自不同的地區、不同的民族、不同的人種,雜然其間。我們知道,世界上很多地方是民族雜處,難辨華夷的。好吧,我們把他們按照器官、部位,逐個比較,比如高鼻子,如果某個種族都是高鼻子,而其他種族都不高,則認為“高鼻子”是該種族的重要特征,給與高賦值;然而,如果一個種族內,有的鼻子高,有的鼻子低,怎么辦呢?沒關系,同樣可以認為這是一個次重要特征,只不過賦值較低罷了。以此類推——對質譜而言——所謂“高鼻子”是指特征譜峰罷了。
兩條腿走路的不一定就是人,柏拉圖曾被自己的學生挑戰過這個問題。對于質譜鑒定而言,關鍵特征固然重要,然則僅僅青眼于細節未免會有盲人摸象之嫌。有鑒于此,梅里埃的譜庫比對規則里面又增加了相似度一項。這樣一來,雖不能說盡善盡美,也可稱“”了。
上述方法可以統稱做“權重矩陣分析”,一個繞口而全面的譜圖比對方法。
見“微”知著
作為微生物檢驗工作者,見“微”是題中應有之義,然而其根本目的則在于“知著”。換言之,MALDI-TOF可以在幾十秒內(指檢測的時間)鑒別出是何種細菌,接下來便怎么樣呢?僅止于此嗎?
孔子最喜歡的弟子就是顏回,稱他是“舉一反十”,而別的弟子僅能做到“舉一反三”。同樣的,我們在滿足于MALDI-TOF快速鑒定的同時,是否要想一下不同樣本的前處理自動化的問題?不同菌株耐藥性的問題?甚至是整個流程的優化的問題?
比如說吧,一份樣本是何時接收的?何時開始培養的?何時報陽、轉種的?何時出的鑒定結果?何時出的藥敏結果?是否需要其他方法協助?上述流程中的每份數據需要單獨讀取,還是有一個“大管家”匯總報告?
對于梅里埃的Vitek MS而言,確實有一個“大管家”,只不過不是一個真正的人,而是一個服務器,叫做“Myla”。
萬物皆數
畢達哥拉斯學派推崇的一句話就是“萬物皆數”,奧地利人L.V.貝塔瑯菲則把這個原理用到:如果一切都能用數字來管理并觀察其趨勢,這不就人間的上帝嗎?于是乎,系統論誕生了。
“Myla”是系統論的踐行者,她會忠實地告訴你是哪個環節出了問題,哪個環節需要改進以提高效率。有了她,你不要在電腦上裝任何客戶端,而是通過瀏覽器來觀察該系統內設備(如細菌培養系統BacAlert 3D、鑒定藥敏系統Vitek 2、質譜Vitek MS等)的運轉狀況。無輪你是否在現場,只要有網絡、有,一切都了然于胸。
結語
好啦,如果說細菌鑒定挽救和成就了MALDI-TOF,則“Myla”卻讓整個系統煥發青春,生機盎然。正所謂“食髓知味”,如果有機會,就和梅里埃一起嘗試一下吧!