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梅里埃——細菌鑒定讓Maldi-TOF質譜煥發青春

2021年10月25日 17:44:43 來源:新疆恒利達科技發展有限公司

開宗明義

MALDI,即基質輔助激光解析電離(Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization,是指離子源,也就是激發部分。這就好像有圓形單頭和尖形單頭,有的善于穿甲、有的善于爆破。MALDI離子源屬于軟電離,相比之下還有其他離子源,其電離方式也不盡相同。比如見的ESI源(電噴霧離子源,一般前端接液相色譜儀HPLC)、APCI源(大氣壓離子源)等。

                                               

TOF一詞指的是飛行時間質譜分析器,如果還用做比較的話,就好比是槍管,有來復滑膛之分——不同的槍管(即質譜檢測器)其原理及所擅長的領域也有所不同。飛行時間(TOF)和離子阱(Trap)檢測器善于定性,四級桿(Q)檢測器善于定量,那么有沒有可能兼顧定性和定量呢?有的,就是把這些方法結合起來——于是乎,諸如Q-TOFQ-Trap等串聯質譜就應運而生了。

 

天作之合

TOF作為一種質譜分析器,可以和不同的離子源相結合,比如ESI源,這種組合就是ESI-Q-TOF(這里的“Q”是四級桿分析器,做質量數篩選的)。然而,ESI是一種連續性的離子源,就好比溪水,源源不斷。而TOF呢,卻偏偏是一種非連續性的質譜檢測器,如噴泉一般汩汩而出。其原理就好比賽跑:必須等所有的選手站在同一個起跑線上,然后一聲響(釋放離子門的電壓),各個選手在真空無場的情況下,在同一初始動能下開始運動。

                                                

就和真正的比賽一樣,帶電的粒子必然有的早到、有的晚到,甚至有的不到(半路湮滅了),所有的這一切都在電光火石之間發生了,卻依賴于電子部件得以記錄,并把飛行時間反推為粒子的質量數(或許可以簡單理解為待測物質的原子量),如此一張工業感十足的質量數指紋圖譜就出現了。如果這張圖譜是用標準已知細菌做出的,我們就可以簡單地將其理解為標準指紋圖譜。

無偶,偏偏MALDI源的電離方式要依賴于激光對待測物的轟擊,這種轟擊的頻率從每秒50次到2000次不等,記為50~2000Hz。不難看出,MALDI源也是非連續性的,MALDITOF的結合是技術發展的必然。TOF拯救了MALDI,或者說,此兩者是相互成就著彼此。


阿喀琉斯之踵

  

一般來說,靈敏度和分辨率往往是魚和熊掌不可兼得的,甚至可以把自稱兼得者稱為現行偽科學或者潛伏期很長的偽科學。MALDI離子源固有其優勢所在,然而由于沒有經過預先分離(如HPLC一般來說,質譜前端會連接分離設備,比如氣相色譜、液相色譜,其目的在于對混合物樣品進行初步分純。),因此難免魚龍混雜,泥沙俱下,為后端的TOF鑒別造成了極大的難度。

再看TOF,其分辨率主要依賴于粒子的飛行距離,同樣以賽跑做比喻:如果兩位選手難分伯仲,不妨延長跑步長度,50m不行就100m100m不行就500m。然而,賽道是不可能無限延長的,怎么辦呢?就像游泳比賽,同樣可以通過數次折返達到延長比賽距離的目的。對于質譜而言,鑒于生產加工的難度和安裝調試的條件要求,直接延長飛行管長度未免膠柱鼓瑟。于是乎,聰明的科學家利用波粒二象性發明了反射“V”字飛行,如果“V”字還不行,就“W”字飛行。這樣一來,也許分辨率問題解決了,但是經過反射,粒子的靈敏度喪失了。

                                              

一言以蔽之,如果說某種技術既缺乏靈敏度,又缺乏分辨率,那么MALDI-TOF就當之無愧,這就是其被稱為高分辨質譜中的低分辨的原因。

在細菌鑒定的功能出現之前,特別是ESI離子源大行其道的當今,MALDI-TOF是一個極為小眾的存在:求生不行(用不起來),求死不得(在某些領域,比如聚合物等分析方面尚有需求)。甚至在迭代頻繁的分析儀器屆,某些重要的MALDI-TOF廠家已經有十余年沒有更新型號了。

孔北海知世間有劉備耶?

如果把MALDI-TOF比作劉備,則細菌鑒定的需求就好比是被黃巾圍困在北海的孔融。需求成就了市場,技術造就了英雄。

                                                             

想象自己是一位細菌檢驗員吧如果能夠把分純的菌落直接涂抹就能鑒定該多好啊!對于儀器廠商而言,使用者有需求,微生物質譜就這樣出現了。

細菌有穩定表達的核糖體蛋白,并且非常便于在大氣壓下前處理(涂靶板、加基質液),再者,由于細菌的特征性質譜峰和質量圖來自于細菌全細胞蛋白(核糖體蛋白、 細胞膜蛋白)按照質荷比(M/Z)的分離排列,因此用已知細菌指紋圖的方式對未知細菌進行鑒定就變得前途amazing

0“路線確定之后,干部就成了決定性因素了,于是,開始建庫吧!韓信點兵,多多益善。

比大還

借助蘋果slogan的中文神翻譯,我們或者可以理解這樣一點:對于菌庫而言,大就一定好嗎?這涉及到一個關于建庫的方法學問題,用一株菌來代表其所在的種,以其質譜圖作為該細菌的標準譜圖,這樣做無疑是的高效方法,此謂之演繹法。雖然該路線簡潔、可塑,卻不免歧路亡羊——畢竟對于使用者而言,我們不希望見到一個樣品給出多個建議的結果,而是給一個非此即彼的答案。

所謂蘿卜快了不洗泥,另一種路線則強調樣本的多樣性,多收集不同地區、不同培養環境的蘿卜建庫速度固然差強人意,但準確性則大大增高,這種方法就是歸納法——梅里埃數據庫就是這樣的建立的。

不難看出,所謂比大還,往往就是莊子所說的大而無當啊。

怎樣才能做到精準建庫呢?我們不妨用人來做比方,譬如一個屋子里做了3000個人,來自不同的地區、不同的民族、不同的人種,雜然其間。我們知道,世界上很多地方是民族雜處,難辨華夷的。好吧,我們把他們按照器官、部位,逐個比較,比如高鼻子,如果某個種族都是高鼻子,而其他種族都不高,則認為高鼻子是該種族的重要特征,給與高賦值;然而,如果一個種族內,有的鼻子高,有的鼻子低,怎么辦呢?沒關系,同樣可以認為這是一個次重要特征,只不過賦值較低罷了。以此類推——對質譜而言——所謂高鼻子是指特征譜峰罷了。

                                      

兩條腿走路的不一定就是人,柏拉圖曾被自己的學生挑戰過這個問題。對于質譜鑒定而言,關鍵特征固然重要,然則僅僅青眼于細節未免會有盲人摸象之嫌。有鑒于此,梅里埃的譜庫比對規則里面又增加了相似度一項。這樣一來,雖不能說盡善盡美,也可稱了。

上述方法可以統稱做權重矩陣分析,一個繞口而全面的譜圖比對方法。

知著

作為微生物檢驗工作者,見是題中應有之義,然而其根本目的則在于知著換言之,MALDI-TOF可以在幾十秒內(指檢測的時間)鑒別出是何種細菌,接下來便怎么樣呢?僅止于此嗎?

孔子最喜歡的弟子就是顏回,稱他是舉一反十,而別的弟子僅能做到舉一反三。同樣的,我們在滿足于MALDI-TOF快速鑒定的同時,是否要想一下不同樣本的前處理自動化的問題?不同菌株耐藥性的問題?甚至是整個流程的優化的問題?

比如說吧,一份樣本是何時接收的?何時開始培養的?何時報陽、轉種的?何時出的鑒定結果?何時出的藥敏結果?是否需要其他方法協助?上述流程中的每份數據需要單獨讀取,還是有一個大管家匯總報告?

對于梅里埃的Vitek MS而言,確實有一個大管家,只不過不是一個真正的人,而是一個服務器,叫做“Myla”

                                              

萬物皆數

畢達哥拉斯學派推崇的一句話就是萬物皆數,奧地利人L.V.貝塔瑯菲則把這個原理用到:如果一切都能用數字來管理并觀察其趨勢,這不就人間的上帝嗎?于是乎,系統論誕生了。

“Myla”是系統論的踐行者,她會忠實地告訴你是哪個環節出了問題,哪個環節需要改進以提高效率。有了她,你不要在電腦上裝任何客戶端,而是通過瀏覽器來觀察該系統內設備(如細菌培養系統BacAlert 3D、鑒定藥敏系統Vitek 2、質譜Vitek MS等)的運轉狀況。無輪你是否在現場,只要有網絡、有,一切都了然于胸。

   

結語

好啦,如果說細菌鑒定挽救和成就了MALDI-TOF,則“Myla”卻讓整個系統煥發青春,生機盎然。正所謂食髓知味,如果有機會,就和梅里埃一起嘗試一下吧!

 

 


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